Si Crisostomo Ibarra ay isang binatang Pilipino na pinag-aral ng kanyang ama sa Europa. Pagkatapos ng pitong taong pamamalagi roon ay nagbalik ito sa Pilipinas. Dahil sa kanyang pagdating ay naghandog si Kapitan Tiyago ng isang salo-salo kung saan ito ay dinaluhan nina Padre Damaso, Padre Sibyla, Tinyente Guevarra, Donya Victorina at ilang matataas na tao, sa lipunan Kastila. Sa hapunang iyon ay hiniya ni Padre Damaso na siyang dating kura ng San Diego, ang binata ngunit ito’y hindi na lamang niya pinansin at magalang na nagpaalam at nagdahilang may mahalagang lalakarin.
Si Ibarra ay kasintahan ni Maria Clara. Siya ay kilala bilang anak-anakan ni Kapitan Tiyago, isang mayamang taga-Binundok. Ang binata ay dumalaw sa dalaga kinabukasan at sa kanilang pag-uulayaw ay di nakaligtaang gunitain ang kanilang pagmamahalan simula pa sa kanilang pagkabata. Di nakaligtaang basahing muli ni Maria Clara ang mga liham ng binata sa kanya bago pa man ito mag-aral sa Europa. Bago tumungo si Ibarra sa San Diego ay ipinagtapat sa kanya ni Tinyente Guevarra ng Guardia Sibil ang tungkol sa pagkamatay ng kanyang amang si Don Rafael, ang mayamang asendero sa bayang yaon.
Ayon sa Tinyente, si Don Rafael ay pinaratangan ni Padre Damaso, na Erehe at Pilibustero, gawa ng di nito pagsisimba at pangungumpisal. Nadagdagan pa ng isang pangyayari ang paratang na ito. Minsan ay may isang maniningil ng buwis na nakaaway ng isang batang mag-aaral, nakita ito ni Don Rafae at ltinulungan ang bata, nagalit ang kubrador at sila ang nagpanlaban, sa kasamaang palad ay tumama ang ulo ng kastila sa isang bato na kanyang ikinamatay. Ibinintang ang pagkamatay na ito ng kubrador kay Don Rafael, pinag-usig siya, nagsulputan ang kanyang mga lihim na kaaway at nagharap ng iba-ibang sakdal. Siya ay nabilanggo at ng malapit nang malutas ang usapin ay nagkasakit ang matanda at namatay sa bilangguan. Di pa rin nasiyahan si Padre Damaso sa pangyayaring iyon. Inutusan niya ang tagapaglibing na hukayin ang bangkay ni Don Rafael sa kinalilibingan nitong sementeryo para sa katoliko at ibaon sa libingan ng mga Intsik at dahil umuulan noon at sa kabigatan ng bangkay ay ipinasya ng tagapaglibing na itapon na lamang ito sa lawa.
Hindi binalak ni Ibarra ang maghiganti sa ginawang kabuktutang ito ni Padre Damaso at sa halip ay ipinagpatuloy ang balak ng kanyang ama na magpatayo ng paaralan.
Sa pagdiriwang ng paglalagay ng unang bato ng paaralan ay kamuntik nang mapatay si Ibarra kung hindi siya nailigtas ni Elias. Sa paglagpak ng bato habang ito’y inihuhugos ay hindi si Ibarra ang nasawi kundi ang taong binayaran ng lihim na kaaway ng binata.
Sa pananghaliang inihandog ni Ibarra pagkatapos ng pagbabasbas ay muling pinasaringan ni Padre Damaso ang binata, hindi na lamang niya sana ito papansinin subalit nang hamakin ang alaala ng kanyang ama ay hindi na siya nakapagpigil at tinangkang saksakin ang pari, salamat na lamang at napigilan ito ni Maria Clara.
Dahil sa pangyayaring ito ay itiniwalag o ineskomonyon si Ibarra ng Arsobispo ng simbahang Katoliko Romano. Sinamantala ito ni Padre Damaso upang utusan si Kapitan Tiyago na sirain ang kasunduan sa pagpapakasal nina Ibarra at Maria Clara. Nais ng pari na ang mapangasawa ng dalaga ay si Linares na isang binatang kastila na bagong dating sa Pilipinas.
Dahil sa pagkasindak sa gumuhong bato noong araw ng pagdiriwang si Maria Clara’y nagkasakit at naglubha. Dahil sa ipinadalang gamot ni Ibarra na siya namang ipinainom ni Sinang gumaling agad ang dalaga.
Sa tulong ng Kapitan Heneral ay napawalang-bisa ang pagkakaeskomulgado ni Ibarra at ipinasya ng arsobispo na muli siyang tanggapin sa simbahang Katoliko. Ngunit, nagkataon noong sinalakay ng mga taong pinag-uusig ang kwartel ng sibil at ang napagbintangang may kagagawan ay si Ibarra kaya siya ay dinakip at ibinilanggo. Wala talagang kinalaman dito ang binata sapagkat nang kausapin siya ni Elias upang pamunuan ang mga pinag-uusig ay tahasan siyang tumanggi at sinabing kailanman ay hindi siya maaring mamuno sa mga taong kumakatawan sa bayan.
Napawalang-bisa ang bintang kay Ibarra sapagkat sa paglilitis na ginawa ay walang sino mang makapagsabi na siya’y kasabwat sa kaguluhang naganap. Subalit ang sulat niya kay Maria Clara na napasakamay ng hukuman ang siyang ginawang sangkapan upang siya’y mapahamak.
Nagkaroon ng handaan sa bahay nina Kapitan Tiyago upang ipahayag ang kasunduan sa pagpapakasal ni Maria Clara kay Linares at samantalang nagaganap ito ay nakatakas ni Ibarra sa bilangguan sa tulong ni Elias.
Bago tuluyang tumakas ay nagkaroong ng pagkakataon si Ibarrang magkausap sila ng lihim ni Maria Clara,. Anya’y ipinagkaloob na niya rito ang kalayaan at sana’y lumigaya siya at matahimik na ang kalooban. Ipinaliwanag ni Maria Clara na ang liham na kanyang iniingatan at siyang ginamit sa hukuman ay nakuha sa kanya sa pamamagitan ng pagbabanta t pananakot. Ippinalit sa mga liham na ito ang dalawang liham na isinulat ng kanyang ina bago siya ipanganak na nakuha ni Padre Salvi sa kumbento at dito nasasaad na ang tunay niyang ama ay si Padre Damaso.
Sinabi niya kay Ibarra na kaya siya pakakasal kay Linares ay upang ipagtanggol ang karangalan ng kanyang ina subalit ang pag-iibig niya saa binata ay di magbabago kailanman.
Samantala, tumakas na si Ibarra sa tulong ni Elias. Sumakay sila ng bangka, pinahiga si Ibarra at tinabunan ng damo at pagkatapos ay tinunton ang ilog Pasig hanggang makarating sa Lawa ng Bay. Ngunit naabutan sila ng mga tumutugis sa kanila. Inisip ni Elias na iligaw ang mga ito kaya naisipan niyang lumundag sa tubig kung saan inakalang si Ibarra ang tumalon kaya hinabol at pinaputukan siya ng mga sibil hanggang mahawi ang bakas ng pagkakalangoy at magkulay-dugo ang tubig.
Nakarating sa kaalaman ni Maria Clara na si Ibarra’y napatay ng mga Sibil sa kanyang pagtakas. Ang dalaga’y nalungkot at nawalan ng pag-asa kaya’t hiniling niya kay Padre Damaso na siya’y ipasok sa kumbento ng Santa Clara upang magmadre. Napilitang pumayag ang pare sapagkat tiyakang sinabi ng dalaga na siya’y magpapakamatay kapag hindi pinagmadre.
Noche Buena nang makarating si Elias sa maalamat na gubat ng mga Ibarra, sugatan at nanghihina na doon niya nakatagpo si Basilio at ina nitong wala nang buhay.Bago siya namatay,ay sinabi niyang “Mamamatay siyang hindi nakikita ang pagbubukang-liwayway ng kanyang bayan at makakikita ay huwag sanang kalilimutan ang mga nangamatay dahil sa pagtatanggol sa bayan.
NOLI ME TANGERE(BUOD)
Matagal na panahong nawala sa Pilipinas ang binatang si Crisostomo Ibarra. Sa pamamalagi niya sa Europa ay naiwan sa bansa ang katipang si Maria Clara na anak ng mayamang si Kapitan Tiyago. Sa pagbabalik ni Ibarra ay lalung naging makulay ang pag-iibigan nila ni Maria Clara. Ngunit tulad ng karaniwang pag-iibigan, maraming suliranin ang nakaharap ng dalawa. Labis ang pagkahumaling ni Padre Salvi sa dalaga na nagtulak dito upang takutin ang una sa natuklasang lihim ng pagkatao nito. Nakuha ng pari ang sulat ni Padre Damaso na nagsasaad ng tunay na pagkatao ni Maria Clara. At upang hindi mabulgar ang katotohanan ay naging sunud-sunuran na lamang ito sa pari kahit iyon ay maging sanhi ng kanyang karamdaman.
Samantala, bago pa lamang nakararating sa bansa ay natuklasan rin ni Ibarra ang naging kapalaran ng kanyang ama sa loob ng bilangguan. Nakulong ito at namatay ng walang kaibigan. Nabatid din ng binata ang ginawang paghukay ng bangkay ng kanyang ama at ang pagkakatapon nito sa libingan ng mga intsik sa utos ng pari. Samantalang nasa kamposanto, pinagbuhatan ng kamay ni Ibarra si Padre Salvi dahil na rin sa pag-aakalang ito ang may gawa ng kalapastanganan sa kanyang ama. Huli na ng matuklasan nitong si Padre Damaso na kaibigan at pinagpala ng kanyang ama ang may gawa ng lahat.
Sa maraming pagkakataon ay nilalait ni Padre Damaso ang pagkatao ni Ibarra. Nagtimp ang huli subalit sa harap ng pananghalian ay muling nilait ng pari ang pagkatao ng binata sampu ng namatay nitong ama. Labis iyong ikinagalit ng binata. Hinutan ang isang kutsilyo at akmang itatarak sa dibdib ng pari. Salamat na lamang at namagitan ang dalagang si Maria Clara.
Dala ng matinding selos at matinding galit ng dalawang pari kay Ibarra, isinangkot nila ito sa isang huwad na himagsikan. Ngunit agad iyong natuklasan ng binata sa pamamagitan ni Elias. Ilang ulit na rin siyang inililigtas ni Elias at ganoon din naman siya. Ipinagtapat ni Elias kay Ibarra ang tungkol sa napipintong himagsikan at ang pagtuturo dito bilang siyang pinuno. Sa pinto ng pagtakas sa tiyak na kapahamakan ay nabatid ni Elias na ang taong matagal na niyang pinaghahanap ay walang iba kundi si Ibarra. Ang ninuno nito ang naging sanhi ng lahat ng kanyang kapahamakan sa buhay. Isinumpa niyang siya ay maghihiganti subalit nanaig ang pagiging tapat na kaibigan. Inutusa nitong sunuging lahat ang mga papeles na maaaring makakilala sa kanya.
DINAKIP ng mga gwardiya sibil si Ibarra. Tinulungan siyang makataks ni Elias. Bago tuluyang tuimakas ay nagdaan muna ito sa bahay nina Maria Clara upang magpaalam. Samantala, isang piging ang nagaganap sa bahay nina Maria Clara. Ikakasal ang dalaga kay Lenares sa kabila ng pagtutol ng kanyang pagtutol. Pang huwag tuluyang mapakasal, hiniling ng dalaga kay Padre Damaso na siya ay pahintulutan na lamang na pumasok sa kumbento. Labis na tumutol ang pari. Batid niya ang nagaganap sa mga dalaga sa loob ng kumbento. Ngunit naging mahigpit ang kahilingan ni Maria Clara. Ang kumbento o kamatayan.
SA kadiliman ng gabi ay naglakbay sa lawa ang bangkang sinasakyan nina Elias at Ibarra. Ilang saglit ay naghari ang putukan. Inusig sila ng mga sundalo. Tumalon ang isang lalaki sa bangka. Kumalat ang kulay dugo sa tubig. Kinabukasan, nabalitang patay si Ibarra.
SAMANTALA, mula sa gubat ay nanaog si Basilio upang makapiling ang kanyang ina. Wala ito sa kanilang bahay. Hinanap ng bata ang ina. Natagpuan niya ito sa bayan. Wala sa sariling bait. Nilapitan ni Basilio ang inang si Sisa subalit hindi siya nakilala. Tumakbo ito palayo. Naghabulan ang dalawa hanggang sa lumang kamposanto. Isinara ni Sisa ang pinto ng sementeryo. Nagpilit pumasok si Basilio. Hindi niya makaya. Umakyat siya sa pader subalit nadupilas at nahulog sa lapag. Nakita ni Sisa ang bata. Nagbalik ang kanyang ulirat. Walang anu-ano ay nahandusay ito. Ilang saglit ay nagising si Basilio. Nakita niya ang walang buhay na katawan ng ina.
ILILIBING ni Basilio ang ina. Walang anu-ano ay isang sugatang lalaki ang dumating. Nagtanong ito kung walang ibang taong dumating bago siya. Umiling si Basilio. Inutusan siya ng lalaki na kumuha ng kahoy at sunugin silang dalawa ng kanyang ina. Inutusan din siya ng sugatang lalaki na lumakad ng ilang hakbang at maghukay. Doon daw ay mayroon siyang makukuhang kayamanan. Gamitin daw ito sa kanyang pagbabagongbuhay.